La conservation et la gestion des ressources génétiques sont une mission importante des instituts de recherche en agronomie. Certaines unités du réseau scientifique de la Fondation contribuent à cette mission en entretenant des collections de ressources biologiques d'espèces tempérées et tropicales. Ces collections ont une réputation nationale et internationale.
Des collections de ressources biologiques sont également détenues par l'UMR GAFL (espèces légumières à graines) à Avignon.
La collection de mutants d'insertion du riz, développée au CIRAD et gérée par les unités DAP et GDP, est une ressource unique. Elle représente le produit d'initiatives française (Génoplante) et européenne (CerealGeneTag) et est largement utilisée dans des programmes internationaux (Challenge Program Generation) ainsi que par de nombreux collègues étrangers dans le cadre de MTA (« Material Transfert Agreement »). Elle constitue un outil important et un facteur supplémentaire d'identification de l'IFR 127 Daphne.