Botanique et Bioinformatique de l’architecture des plantes (AMAP)

• Botanique : Plantes et écosystèmes tropicaux sauvages et cultivés
• Paléobotanique
• Identification des plantes assistée par ordinateur
• Architecture des plantes et propriétés biomécaniques
• Biomathématique et bioinformatique
• Organisation et dynamique des peuplements, des écosystèmes et des paysages

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Equipe 1: Diversité des Plantes et des Communautés Végétales: dresser un inventaire de la biodiversité et en comprendre les variations suppose de: i) classer les espèces de manière cohérente, en combinant les connaissances morphologiques, architecturales et biologiques avec une approche moléculaire, ii) comprendre ce qui détermine la répartition des espèces et le rôle qu'elles jouent dans les écosystèmes, afin de prédire la réaction de ces derniers à un changement global ainsi qu'à des modifications locales de l'environnement. Cet objectif s'appuie sur la constitution d'un nombre croissant d'ensembles de données multicritères et fiables, ainsi que sur le développement de nouvelles méthodes d'exploration, d'agrégation et d'analyse de référentiels d'information hétérogènes.

Equipe 2 - Architecture, fonctionnement et évolution des plantes: dans le but de comprendre et de prédire la croissance, l'architecture et l'évolution des plantes, ainsi que d'identifier les facteurs génétiques et environnementaux qui affectent la croissance et la structure des plantes réelles et fossiles. Les principaux objectifs sont les suivants: i) développer une compréhension de l'architecture végétale en utilisant les caractères morphologiques et anatomiques; ii) identifier les caractéristiques phénotypiques et les contrôles génétiques de la diversité structurelle et de la plasticité phénotypique; iii) analyser la croissance et les processus physiologiques pour comprendre l'évolution de l'architecture; iv) modéliser la croissance des plantes et intégrer les processus biophysiques et physiologiques pour prédire l'évolution de l'achitecture des plantes cultivées dans des conditions écologiques et climatiques variables.

Equipe 3 - Organisation et dynamique des peuplements et des paysages végétaux: nous nous concentrons sur les (agro)forêts soumises à des perturbations naturelles ou anthropogéniques dans des paysages fragmentés ou contraints par l'environnement physique. Les principaux objectifs sont les suivants: i) comprendre les propriétés émergentes de la dynamique de peuplement global à partir de modèles parcimonieux des interactions locales; ii) évaluer si les propriétés émergentes nous permettent de déduire les caractéristiques de peuplement à grande échelle à partir de données de télédétection (problème d'inversion); iii) combiner une modélisation dynamique structurelle et fonctionnelle pour prédire à grande échelle les variations spatio-temporelles des caractéristiques de peuplement selon divers scénarios de forçage de l'environnement; iv) intégrer les connaissances sur les processus écologiques et biophysiques dans un contexte d'applications d'ingénierie écologique.

• AMAPsim est un logiciel permettant de simuler le développement architectural d'une plante. Il comprend des outils de paramétrisation, simulation, visualisation et contrôle, une base de données de référence, une documentation technique, et des exemples d'applications externes.
• CAPSIS est une plateforme de développement de modèles de croissance et de dynamique forestière qui permet de construire et d'évaluer des scénarios sylvicoles en s'appuyant sur un modèle pour une espèce et une région données (fertilité stationnelle, densité initiale, intensité, type et nature des éclaircies, élagage...).
• OSCAR (Open Source Simple Computer for Agriculture in Rural Areas), OSWALD (Open Source for Weed Assessment in Lowland Paddy Fields) et ORCHIS (Open (Re)source for Commerce in Horticulture aided by species Identification Systems), logiciel libre servant à identifier les espèces végétales. Le premier prototype a été conçu comme un outil dans l'identification et le la maitrise des mauvaises herbes, avant d'être utilisé pour les orchidées du Laos.
• MHM (Multiscale Heterogeneity Map), logiciel libre d'analyse statistique des modèles de surface
• Pl@ntNote: L'application Pl@ntNote est un logiciel libre destiné aux chercheurs pour une gestion locale des données écologiques collectées sur le terrain. C'est un outil modulable basé sur les individus-plantes.

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