Communauté scientifique de Montpellier



Diversité, adaptation et développement des plantes (DIADE)

Directeur : Serge Hamon Serge.Hamon@ird.fr Site Internet : http://www.diade.ird.fr/
Thématique de recherche
Les projets de recherche de l'UMR DIADE (DIversité Adaptation et DEveloppement des plantes) visent à à comprendre la nature et le rôle des mécanismes de diversification structurale et fonctionnelle du génome des plantes tropicales de la diversité et structures de leurs populations au cours des processus de spéciation, d'adaptation aux variations naturelles du milieu ou aux modifications d'origine anthropique. Les approches sont basées sur la génétique, l'épigénétique, la biologie du développement, la physiologie, la systématique et l'évolution. Elle a commencé à développer tout récemment, de nouvelles approches telles que la télédétection, la modélisation et la génomique fonctionnelle. Les systèmes d'étude vont des plantes modèles (Arabidopsis, riz, tomate) aux cultures d'intérêt agronomique ou écologique (café, filaos, igname, maïs, palmiers et millet).

L'unité considère différents niveaux d'analyse, depuis les cellules jusqu'aux complexes d'espèces. Elle examine (1) la régulation fine de l'expression de gènes clés dans le développement; (2) le contrôle des transitions développementales; (3) l'histoire évolutive des familles de gènes; (4) les déterminants moléculaires (gènes ou réseaux de gènes) de la variation phénotypique des caractères d'intérêt agronomique ou écologique; et (5) la dynamique et la plasticité des génomes, la dynamique et la diversité des populations en réponse à des facteurs écologiques et humains (structuration de la diversité génétique, adaptation aux changements de l'environnement, domestication) et à des facteurs biologiques (chocs génomique).
Points forts de la recherche
Différents niveaux d'analyse, de la cellule au complexe d'espèces, sont considérés. Ainsi, nous abordons :

la régulation fine de l'expression de gènes clés du développement ; le contrôle des transitions développementales ; l'histoire évolutive de familles de gènes ; les déterminants moléculaires (gènes ou réseaux de gènes) de la variation phénotypique de caractères d'intérêt agronomique ou écologique ; la dynamique et la plasticité des génomes, la dynamique et la diversité des populations en réponse à des facteurs écologiques et humains (structuration de la diversité génétique, adaptation aux changements du milieu, domestication) ou biologiques (chocs génomiques).

Les projets de recherche de l'UMR sont tous menés en collaboration avec des partenaires des pays du Sud.
Personnel
InsitutsChercheursProfesseurs Ing. de recherche

Personnel admin. et techn.

Doctorants
UM2, IRD
35
6
3

21
19
Equipes de recherche
Huit équipes de recherche travaillent sur des thèmes particuliers:
(1) Régulation Epigénétique & Développement de la Graine;
(2) rhizogenèse, à savoir, la compréhension des processus qui conduisent à l'adaptation du système racinaire des plantes aux dégradés et pauvres en éléments minéraux;
(3) biologie de la croissance des palmiers, avec accent mis sur la famille Arecaceae; accent mis sur certains aspects clés de leur développement reproductif, pertinents pour les pays émergents;
(4) développement / variabilité du génome du riz;
(5) dynamique et évolution du génome;
(6) anthropisation et dynamique de la diversité génétique des plantes;
(7) mécanismes de tolérance au dessèchement des plantes
(8) métabolisme secondaire: activités, régulation dans les plantes tropicales
Principaux partenariats internationaux
AVESTHAGEN, Plant Genome Laboratory, Bangalore, Inde - CNRA, Plant Breeding and Genetics, Côte d'Ivoire - CSIRO Plant Industry, Canberra, Australie - ICRISAT et l'Université Abou Moumoumi, Niger - John INNES Centre, Dept of Cell and Developmental Biology, Royaume Uni - PUCE, Molecular lab, Equateur - Université de Nottingham, Division of Plant Science, Royaume Uni - Université de Aarhus, Bioinformatic Research Center, Danemark - Université de Gand, Dept of Plant System Biology - Université de Kenangsann, School of Bioscience and Biotechnology, Malaisie Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), Argentine.
Faits et chiffres
Publications dans des revues internationales
2005 - 2009: 224
Publications significatives

Beulé T., Camps C., Debiesse S.E, Tranchant C., Dussert S., Sabau X., Jaligot E., Alwee SSRS, Tregear J., (2011). Transcriptome analysis reveals differentially expressed genes associated with the mantled homeotic flowering abnormality in oil palm (Elaeis guineensis). Tree Genetics and Genomes, 7, 169-182

Cavel E., Pillot M., Pontier D., Lahmy S., Bies-Etheve N., Vegaa D., Grimanelli D., Lagrange T., (2011). A plant-specific transcription factor IIB-related protein, pBRP2, is involved in endosperm growth control. Plos One, 6: e17216.

Chair H., Duroy P.O., Cubry P., Sinsin B., Pham JL, (2011). Impact of past climatic and recent anthropic factors on wild yam genetic diversity. Molecular Ecology 20, 1612-1623 Engelmann F., (2011). Use of biotechnologies for the conservation of plant biodiversity. In Vitro Cell Developmental Biology-Plant, 47, 5-16.

Guyot R., Garavito A., Gavory F., Samain S., Tohme J., Ghesquière A., Lorieux M., (2011). Patterns of sequence divergence and evolution of the S-1 orthologous regions between Asian and African cultivated rice species. Plos One, 6 (3) : e17726.

Hamon P, Duroy P. O., Tranchant C., Mafra D'Almeida Costa P., Duret C., Razafinarivo N.J., Couturon E., Hamon S., de Kochko A., Poncet V. Guyot R., (2011). Two novel Ty1-copia retrotransposons isolated from coffee trees can effectively reveal evolutionary relationships in the Coffea genus (Rubiaceae) Molecular Genetics & Genomics. Doi 10.1007/s00438-011-0617-0

Hocher V, Alloisio N, Auguy F, Fournier P, Doumas P, Pujic P, Gherbi H, Queiroux C, Da Silva C, Wincker P, Normand P, Bogusz D, (2011). Transcriptomics of actinorhizal symbioses reveals homologs of the whole common symbiotic signaling cascade. Plant Physiology. Doi 10.1104 : 111.174151

Lucas M., Laplaze L., Bennett M. J, (2011). Plant systems biology : network matters. Plant Cell and Environment, 34, 535-535

Mariac C, Jehin L., Saidou A-A, Thuillet A-C, Couderc M., Sire P., Jugde H., Adam H, Bezançon G, Pham J-L, Vigouroux Y, (2011). Genetic basis of pearl millet adaptation along an environmental gradient investigated by a combination of genome scan and association mapping. Molecular Ecology, 20, 80-91

Privat, I., Bardil, A., Gomez, A., Severac, D., Dantec, C., Fuentes, I., Mueller, L., Joet, T., Pot, D., Foucrier, S., Dussert, S., Leroy, T., Journot, L., de Kochko, A., Campa, C., Combes, M.-C., Lashermes, P. and Bertrand, B. (2011). The ‘PUCECAFE' Project: the First 15K Coffee Microarray, a New Tool for Discovering Candidate Genes correlated to Agronomic and Quality Traits. BMC Genomics, 12, 5. Doi:10.1186/1471-2164-12-5

Sabot F., Picault N., El-Baidouri M , Llauro C., Chaparro C., Piegu, B. Roulin A., Guiderdoni E., Delabastide M., McCombie R., Panaud O., 2011. Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data. The Plant Journal, 66, 241-246.

Sutka M., LI G. W., Boudet J., Boursiac Y., Doumas P., Maurel C., (2011). Natural variation of root hydraulics in Arabidopsis grown in normal and salt-stressed conditions. Plant Physiology, 155, 1264-1276.

Tranbarger T. J., Dussert S., Joët T., Argout X., Summo M., Champion A., Cros D., Omore A., Nouy B, and Morcillo F., (2011). Regulatory mechanisms underlying oil palm fruit mesocarp maturation, ripening and functional specialization in lipid and carotenoid metabolism. Plant Physiology. Doi 10.1104.111.175141

Yu Q., Guyot R., de Kochko A., Byers A., Navajas-Pérez R., Langston B.J., Dubreuil-Tranchant C., Paterson A.H., Poncet V., Nagai C., Ming R., (2011). Microcolinearity and genome evolution in the vicinity of an ethylene receptor gene of cultivated diploid and allotetraploid coffee species (Coffea). The Plant Journal. Doi 10.1111/j.1365-313x.2011.04590.x

Singh M., Goel S., Meeley R.B., Dantec C., Parrinello H., Michaud C., Leblanc O. and Grimanelli D., (2011). Production of Viable Gametes without Meiosis in Maize Deficient for an ARGONAUTE Protein. Plant Cell, 23, 443-458

Budget annuel total
2010
Budget annuel total (sans les salaires) 600 000
Contrats externes 1 100 000