Communauté scientifique de Montpellier



Génétique et amélioration des fruits et légumes (GAFL)

Directeur : Mathilde Causse
Thématiques de recherche
L'Unité INRA Génétique et amélioration des fruits et légumes, est centrée sur l'exploration des génomes et de la diversité des ressources génétiques, ainsi que sur la méthodologie de sélection, pour certaines espèces maraîchères, et les espèces fruitières de type Prunus. Ces recherches sont développées selon quatre axes : bases génétiques et moléculaires de la qualité des fruits, caractérisation fonctionnelle des interactions plantes/pathogènes, gestion durable des résistances, intégration de la résistance aux maladies et de la qualité des fruits pour des recherches innovantes en génétique.
Points forts de la recherche
Entretien et évaluation des ressources génétiques. L'Unité est chargée de l'entretien et de la caractérisation des ressources génétiques nationales pour les légumes de la famille des solanacées (aubergine, piment, tomate), les cucurbitacées, la laitue, et les arbres fruitiers méditerranéens de type prunus (amandier, abricotier, et leurs porte-greffes). L'Unité a une grande expérience dans le domaine de la protection des plantes en utilisant la variabilité génétique pour la résistance à la fois qualitative (principaux gènes) et quantitative (QTL) et dans la dissection génétique des caractères de la qualité des fruits: composants de qualité organoleptique (goût, texture) et vitamine C. Ce domaine de recherche s'étend de l'étude des phénotypes associés à la résistance/qualité, à la révélation d'allèles résistance/qualité dans les collections de matériel génétique.
Caractères génétiques et génomiques des plantes. Des cartes génétiques et de QTL ont été élaborées pour les cultures précitées. Les gènes et les QTL présentant un intérêt particulier (résistance aux maladies, virus et champignons, qualité du fruit et teneur en vitamine C) ont été clonés à l'aide de gènes candidats et/ou des stratégies de clonage positionnel du gène. L'expression (transcription) et la régulation de ces gènes sont analysées de manière plus approfondie pour comprendre leur impact sur le génotype de la plante dans différents environnements.
Amélioration de la qualité et de la résistance aux maladies, diffusion de nouveaux cultivars: Le groupe a également développé des programmes de sélection assistée par marqueurs pour la qualité organoleptique de la tomate et la résistance à la maladie polygénique du piment. Les travaux du groupe portent aussi sur la gestion durable de génotypes résistants pour éviter que les bioagresseurs ne contournent les résistances variétales. Pour ce qui est des maladies les plus importantes, le groupe de recherche produit des cultivars résistants de légumes et arbres fruitiers issus de la sélection conventionnelle ou assistée par marqueurs, particulièrement pour les régions méditerranéennes et tropicales.
Staff profile
Institution Chercheurs Professeurs Ing. de recherche Personnel Adm. et Techn. Doc
INRA Avignon 15 0
 15 95 10
Equipes de recherche
L'Unité est composée de six groupes de recherche :
  • Diversité, Qualité et Environnement chez la Tomate
  • Génétique Intégrative et Innovation chez les Prunus
  • Ressources Génétiques chez les Espèces Maraîchères
  • Résistance Durable chez les Solanacées
  • Résistances aux Virus
  • Résistances et Reproduction du Melon
Plateformes et autres outils
  • Plateau technique d'analyse de la qualité des fruits (équipement commun avec deux autres unités du RTRA pour la production horticole intégrée)
  • Laboratoire de biologie moléculaire utilisé en commun avec trois autres unités du centre de recherche d'Avignon.
  • Centre de ressources biologiques pour le stockage de grains à court/moyen et long terme, bases de données descriptives et catalogues.
  • Champs ouverts, serres et chambres de culture pour expériences et phénotypage à grande échelle, serres de type S2, serres de quarantaine et de confinement pour OGM.
Most important international partnerships
  • Nombreuses collaborations au sein du Centre de recherche d'Avignon avec d'autres unités du Pôle de Production Horticole Intégrée (phytopathologie, écophysiologie, technologie, biométrie...) mais aussi avec d'autres laboratoires INRA de phytopathologie (Sophia, Rennes, Lyon), travaillant sur la qualité du fruit (Bordeaux, Toulouse, Angers, Nantes) et la génomique (Evry)
  • L'Unité participe à plusieurs projets financés par l'Union Européenne, avec de nombreux partenaires européens : EUSOL, ISAFRUIT, BIOEXPLOIT. Coordination du projet Resistvir.
  • Plusieurs collaborations avec des semenciers.
Faits et chiffres
Publications dans des revues internationale
2010: 22
2005 - 2009: 109 

Publications significative
Robaglia C., Caranta C. 2006. Translation initiation factors: a weak link in plant RNA virus infection. Trends in Plant Science 11: 40-45.

Faurobert M., Mihr M., Bertin N., Pawlowski T., Negroni L., Sommerer N., Causse M. 2007. Major proteome variations associated with cherry tomato pericarp development and ripening. Plant Physiology 143: 1327-1346.

Niçaise V., Gallois J.L., Chafiai F., Allen L.M., Schurdi-Levraud V., Browning K.S., Candresse T., Caranta C., Le Gall O., German-Retana S. 2007. Coordinated and selective recruitment of eIF4E and eIF4G factors for potyvirus infection in Arabidopsis thaliana. FEBS Letters 581: 1041-1046.

Stevens R., Buret M., Duffé P., Garchery C., Baldet P., Rothan C., Causse M. 2007. Candidate genes and quantitative trait loci affecting fruit ascorbic acid content in three tomato populations. Plant Physiology 143: 1943-1953.

Ranc N., Muños S., Santoni S., Causse M. (2008) A clarified position for Solanum lycopersicum var. cerasiforme in the evolutionary history of tomatoes (Solanaceae). BMC Plant Biol 8: 130.

Boualem A., Fergany M., Fernandez R., Troadec C., Martin A., Morin H., Sari M.A., Colin F., Flowers J.M., Pitrat M., Purugganan M.D., Dogimont C., Bendahmane A. (2008) A conserved mutation in an ethylene biosynthesis enzyme leads to andromonoecy in melons. Science 321: 836-838.

Palloix A., Ayme V., Moury B. (2009) Durability of plant major resistance genes to pathogens depends on the genetic background, experimental evidence and consequences for breeding strategies. New Phytol 183: 190-199

Martin A., Troadec C., Boualem A., Rajab M., Fernandez R., Morin H., Pitrat M., Dogimont C., Bendahmane A. (2009) A transposon-induced epigenetic change leads to sex determination in melon. Nature 461: 1135-U1237.

Sallaud C., Rontein D., Jabès S., Duffé P., Giacalone C., Thoraval S., Escoffier C., Herbette G., Leonhardt N., Causse M. (2009) A novel pathway for sesquiterpene biosynthesis from Z,Z-farnesyl pyrophosphate in the wild tomato Solanum habrochaites. Plant Cell 21: 301-307.

Génard M., Bertin N., Gautier H., Lescourret F., Quilot B. (2010) Virtual profiling: a new way to analyse phenotypes. Plant J 62: 344-355.

Piron F., Nicolaï M., Minoia S., Piednoir E., Moretti A., Salgues A., Zamir D., Caranta C., Bendahmane A. (2010) An induced mutation in tomato eIF4E leads to immunity to two potyviruses. Plos One 5: e11313

Brevets

Dogimont C., Bendahmane A., Pitrat M., Burget-Bigeard E., Hagen L., Le Menn A., Pauquet J., Rousselle P., Caboche M., Chovelon V. (2007) Gène de résistance à Aphis gossypii. N° PCT/FR2004/000050, 31p + annexes.

Bendahmane A., Boualem A., Troadec C., Martin A., Dogimont C. (2008) Combinaison de deux éléments génétiques pour le contrôle du développement du type floral d'une plante dicotylédone, et mise en oeuvre dans des procédés de détection et de sélection N° FR 2934277 - WO 2010012948, 84 p.

Poëssel J.L., Collet M.H., Rahbé Y. (2008) Procédé de préparation d'acides dicaféoylquiniques et leur utilisation contre les pucerons. N° 08/00561, 32 p.

Caromel B., Chauvin L., Kerlan M.C., Aarrouf J., Speck A., Lefebvre V. (2009) Gène GpaV de résistance aux nématodes chez les Solanacées. N° 09 06432, (déposé le 31/12/2009).
Budget total
2008 2009 2010
Budget annuel total (k€ - excluant les salaires) 1 784 415 1 890 821 1 727 362
Contrats externes (k€) :
ANR 194 163 291 188 301 329
UE 551 892 387 638 261 913
Secteur privé 44 836 61 932 35 667
Autres 559 536 505 779 661 780