Communauté scientifique de Montpellier



Laboratoire Génome et Développement des Plantes (LGDP)

Directeur: Jean-Marc Deragon
Thématique de recherche
L'unité de recherche LGDP étudie les thèmes suivants sur Arabidopsis thaliana, le riz, et le maïs comme plantes modèles:
1) Organisation et évolution des génomes de plantes
2) Etude de la régulation des gènes au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel par mécanismes génériques et épigénétiques
3) Impact de la rédoxine sur le développement de la plante
Points forts de la recherche
1. Evolution de la génomique des plantes
a. Caractérisation des rétro-éléments transposables du génome et leurs impacts sur l'évolution du génome du riz (Roulin et al, Plant J 2009)
b. Étude des duplications du génome à travers le genus Oriza (Jacquemin et al. BMC Plant Biology 2009).
c. Annotation des éléments transposables dans divers génomes de plantes (Argout et al Nat Genet, 2011)

2. Régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle des gènes chez Arabidopsis
a. Caractérisation du nouveau système polymerase IV dans les plantes et démonstration de son rôle dans l'extinction des gènes (Pontier et al, Genes & Dev, 2005; Genes & Dev. 2007, Lahmy et al PNAS 2009).
b. Identification et caractérisation des petits ARNs nucléolaires et des activités d'épissage des ARNs qui contrôlent la maturation et la modification des ARNs ribosomaux et d'autres cibles des ARNs (Pontvianne et al, Plos Genet 2010).
c. Identification et caractérisation fonctionnelle des mécanismes de maturation des ARNs et de facteurs jouant un rôle clé dans la modification épigénétique des ARNs, et dans la biogénèse de petits ARNs (siARNS, snoARNs, SINES, etc.). (Plouch-Pellissier et al, PloS Genet, 2008).
d. Régulation du métabolisme mRNA en situation de stress (Deragon et Bousquet-Antonelli, ARN, 2009)

3. Développement des plantes
Contrôle du développement du méristème à l'état redox (Bashandy, Plant Cell 2010).
Personnel
InstitutsChercheurs Professeurs Ing. de recherche

Personnel admin. et techn.

Doctorants
CNRS, UPVD
9
11
1

13
5
Equipes de recherche
  • Analyse et évolution du génome
  • Extinction transcriptionnelle du gène et RNAi dans les plantes
  • Régulation du redox dépendante de la thirédoxine du développement d'arabidopsis
  • Biosynthèse des ARN ribosomiques et des petits ARN nucléolaires dans l'arabidopsis
  • Régulation translationnelle en situation de stress : rôle des protéines contenant du LAM
Plateformes et autres outils
Le laboratoire LGDP est très impliqué dans les programmes de génomique pour le séquençage des génomes et des banques d'EST ainsi que dans le développement d'outils bioinformatiques pour l'annotation du génome. Il fait partie du Genopôle de Montpellier et dirige la plateforme de séquençage de l'ADN.
Principaux partenariats internationaux
  • Projet OMAP - Arizona Genomic Institute et University of Purdue
  • Projet MicroRNA rice JSPS-CNRS, Nagoya University, Japon
  • International Rice Research Institute (IRRI, Philippines)
Faits et chiffres
Publications dans des revues internationales
2005 - 2009 : 153
Publications significatives
1. Bashandy T, Guilleminot J, Vernoux T, Caparros-Ruiz D, Ljung K, Meyer Y, Reichheld JP. Interplay between the NADP-linked thioredoxin and glutathione systems in Arabidopsis auxin signalling. Plant Cell. 2010; 22(2):376-91.

2. Azevedo J, Garcia D, Pontier D, Ohnesorge S, Yu A, Garcia S, Braun L, Bergdoll M, Hakimi MA, Lagrange T, Voinnet O. Argonaute quenching and global changes in Dicer homeostasis caused by a pathogen-encoded GW repeat protein. Genes Dev. 2010; 24(9):904-15

3. Gao Z, Liu HL, Daxinger L, Pontes O, He X, Qian W, Lin H, Xie M, Lorkovic ZJ, Zhang S, Miki D, Zhan X, Pontier D, Lagrange T, Jin H, Matzke AJ, Matzke M, Pikaard CS, Zhu JK. An RNA polymerase II- and AGO4-associated protein acts in RNA-directed DNA methylation. Nature. 2010; 465(7294):106-9.

4. Samaha H, Delorme V, Pontvianne F, Cooke R, Delalande F, Van Dorsselaer A, Echeverria M, Sáez-Vásquez J. Identification of protein factors and U3 snoRNAs from a Brassica oleracea RNP complex involved in the processing of pre-rRNA. Plant J. 2010; 61(3):383-98.

5. Karlowski WM, Zielezinski A, Carrère J, Pontier D, Lagrange T, Cooke R. Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis. Nucleic Acids Res. 2010 38(13) 4231-45.

6. Worden AZ, Lee JH, Mock T, Rouzé P, Simmons MP, Aerts AL, Allen AE, Cuvelier ML, Derelle E, Everett MV, Foulon E, Grimwood J, Gundlach H, Henrissat B, Napoli C, McDonald SM, Parker MS, Rombauts S, Salamov A, Von Dassow P, Badger JH, Coutinho PM, Demir E, Dubchak I, Gentemann C, Eikrem W, Gready JE, John U, Lanier W, Lindquist EA, Lucas S, Mayer KF, Moreau H, Not F, Otillar R, Panaud O, Pangilinan J, Paulsen I, Piegu B, Poliakov A, Robbens S, Schmutz J, Toulza E, Wyss T, Zelensky A, Zhou K, Armbrust EV, Bhattacharya D, Goodenough UW, Van de Peer Y, Grigoriev IV. Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas. Science. 2009; 324(5924):268-72.

7. Bousquet-Antonelli C, Deragon JM. A comprehensive analysis of the La-motif protein superfamily. RNA. 2009: 15(5):750-64. Epub 2009 Mar 19

8. Meyer Y, Buchanan BB, Vignols F, Reichheld JP. Thioredoxins and glutaredoxins: unifying elements in redox biology. Annu Rev Genet. 2009 43:335-67.

9. Barbezier N, Canino G, Rodor J, Jobet E, Saez-Vasquez J, Marchfelder A, Echeverría M. Processing of a dicistronic tRNA-snoRNA precursor: combined analysis in vitro and in vivo reveals alternate pathways and coupling to assembly of snoRNP. Plant Physiol. 2009 150(3):1598-610.

10. Lahmy S, Pontier D, Cavel E, Vega D, El-Shami M, Kanno T, Lagrange T. PolV(PolIVb) function in RNA-directed DNA methylation requires the conserved active site and an additional plant-specific subunit. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 106(3):941-6.

11. Schnable PS, Ware D, Fulton RS, Stein JC, Wei F, Pasternak S, Liang C, Zhang J, Fulton L, Graves TA, Minx P, Reily AD, Courtney L, Kruchowski SS, Tomlinson C, Strong C, Delehaunty K, Fronick C, Courtney B, Rock SM, Belter E, Du F, Kim K, Abbott RM, Cotton M, Levy A, Marchetto P, Ochoa K, Jackson SM, Gillam B, Chen W, Yan L, Higginbotham J, Cardenas M, Waligorski J, Applebaum E, Phelps L, Falcone J, Kanchi K, Thane T, Scimone A, Thane N, Henke J, Wang T, Ruppert J, Shah N, Rotter K, Hodges J, Ingenthron E, Cordes M, Kohlberg S, Sgro J, Delgado B, Mead K, Chinwalla A, Leonard S, Crouse K, Collura K, Kudrna D, Currie J, He R, Angelova A, Rajasekar S, Mueller T, Lomeli R, Scara G, Ko A, Delaney K, Wissotski M, Lopez G, Campos D, Braidotti M, Ashley E, Golser W, Kim H, Lee S, Lin J, Dujmic Z, Kim W, Talag J, Zuccolo A, Fan C, Sebastian A, Kramer M, Spiegel L, Nascimento L, Zutavern T, Miller B, Ambroise C, Muller S, Spooner W, Narechania A, Ren L, Wei S, Kumari S, Faga B, Levy MJ, McMahan L, Van Buren P, Vaughn MW, Ying K, Yeh CT, Emrich SJ, Jia Y, Kalyanaraman A, Hsia AP, Barbazuk WB, Baucom RS, Brutnell TP, Carpita NC, Chaparro C, Chia JM, Deragon JM, Estill JC, Fu Y, Jeddeloh JA, Han Y, Lee H, Li P, Lisch DR, Liu S, Liu Z, Nagel DH, McCann MC, SanMiguel P, Myers AM, Nettleton D, Nguyen J, Penning BW, Ponnala L, Schneider KL, Schwartz DC, Sharma A, Soderlund C, Springer NM, Sun Q, Wang H, Waterman M, Westerman R, Wolfgruber TK, Yang L, Yu Y, Zhang L, Zhou S, Zhu Q, Bennetzen JL, Dawe RK, Jiang J, Jiang N, Presting GG, Wessler SR, Aluru S, Martienssen RA, Clifton SW, McCombie WR, Wing RA, Wilson RK. The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics. Science. 2009 326(5956):1112-5.

12. Picault N, Chaparro C, Piegu B, Stenger W, Formey D, Llauro C, Descombin J, Sabot F, Lasserre E, Meynard D, Guiderdoni E, Panaud O. Identification of an active LTR retrotransposon in rice. Plant J. 2009 58(5):754-65.

13. Pouch-Pélissier MN, Pélissier T, Elmayan T, Vaucheret H, Boko D, Jantsch MF, Deragon JM. SINE RNA induces severe developmental defects in Arabidopsis thaliana and interacts with HYL1 (DRB1), a key member of the DCL1 complex. PLoS Genet. 2008 13;4(6):e1000096.

14. Fleurdépine S, Deragon JM, Devic M, Guilleminot J, Bousquet-Antonelli C. A bona fide La protein is required for embryogenesis in Arabidopsis thaliana. Nucleic Acids Res. 2007 35(10):3306-21.

15. El-Shami M, Pontier D, Lahmy S, Braun L, Picart C, Vega D, Hakimi MA, Jacobsen SE, Cooke R, Lagrange T. Reiterated WG/GW motifs form functionally and evolutionarily conserved ARGONAUTE-binding platforms in RNAi-related components. Genes Dev. 2007 21(20):2539-44.
Budget annuel total
2008 :
Budget annuel total: 3 907 257
Contrats externes: 572 474