Communauté scientifique de Montpellier



Pathologie végétale (AVI-PATHO)

Directrice: Cindy Morris
Site Web:
Thématique de recherche
L'Unité INRA Pathologie végétale, est centrée sur les maladies des cultures maraîchères méditerranéennes, ainsi que celles affectant le platane, et les viroses des cultures florales, selon cinq axes : identification des agents phytopathogènes et caractérisation de leurs diversités génétique et phénotypique ; mise au point de méthodes de diagnostic rapides, simples et fiables ; étude des conditions favorisant le développement des épidémies ; évaluation de l'impact des facteurs biotiques et abiotiques sur l'efficacité et la durabilité des méthodes de lutte, notamment la résistance des plantes aux agents pathogènes ; analyse du potentiel de variabilité des agents phytopathogènes. L'ensemble des travaux vise à mettre au point des méthodes de lutte efficaces et raisonnées, respectueuses de l'environnement et permettant de produire des fruits et légumes de qualité.
Points forts de la recherche
Notre unité de recherche est reconnue internationalement pour ses avancées scientifiques sur la dissémination des pathogènes - à un niveau microscopique ou à de larges échelles-par exemple l'élucidation du nombre spécifique de particules virales transmises par un insecte vecteur (Moury et al., 2007), l'identification des premiers génotypes responsables des épidémies de Botrytis cinerea en serres, l'étude de la diffusion de nouveaux variants du virus de la mosaïque de la pastèque (Desbiez et al., 2007), la démonstration de la dissémination mondiale d'agents pathogènes et le pouvoir glaçogène des bactéries avec le cycle de l'eau (Morris et al., 2008; Christner et al., 2008). Ce travail résulte de notre expertise sur tous les aspects de la variabilité du pathogène - et dans l'exploitation de cette variabilité pour mettre en place des outils expérimentaux ou des méthodes de contrôle.

Une autre contribution essentielle de nos recherches concerne l'évolution du pathogène, par mutation ou recombinaison, associée à des facteurs biotiques ou abiotiques, au milieu desquels se situe la plante hôte (espèces et génotypes). Une autre approche originale réside dans notre effort de modélisation des étapes de l'évolution du pathogène aussi bien à l'échelle de la cellule que du champ.
Les contributions reconnues concernent aussi l'étiologie des maladies et la caractérisation des déterminants du pouvoir pathogène contribuant au déclenchement des épidémies (ex. nous avons identifié le pathogène responsable d'au moins 15 nouvelles maladies virales et bactériales, en développant dans le même temps des outils de diagnostic spécifiques).

Sur les 20 dernières années, nous avons contribué au développement de lignées résistantes en collaboration avec l'unité de recherche Amélioration des plantes à Avignon. Les études de l'épidémiologie des maladies et de l'écologie des pathogènes ont permis le développement de deux agents de contrôle biologique (bientôt commercialisés). Actuellement notre recherche porte sur l'étude de la durabilité des résistances et des agents de protection biologique.
Personnel
Institutions
Chercheurs
Professeurs
Ing. de recherche
Personnel Adm. et Techn.
Doct.
INRA Avignon 10 0
 4 24 5
Equipes de recherche
L'unité est divisée en trois équipes:
  • Bactériologie : Adaptation des bactéries pathogènes des plantes à de multiples niches : conséquences sur l'apparition des maladies et implication pour les processus atmosphériques.
  • Virologie : Etiologie des maladies virales des cultures maraîchères et ornementales, Epidémiologie moléculaire des maladies virales, recherche et développement de méthodes de lutte.
  • Mycologie : Epidémiologie de la pourriture grise de la tomate sous serre et protection intégrée.
Plateformes et autres outils
  • Plateforme Microscopie : Microscope électronique à transmission et à balayage (MET et MEB), traitement des données
  • Laboratoire de sérologie
  • Plateforme de biologie moléculaire : 500 m² de laboratoires avec un équipement moderne
  • 2000 m² de serres ; 100 m² de serres de quarantaine, 10 chambres de germination
  • Laboratoires équipés pour l'isolation, la préservation et la caractérisation des bactéries, champignons et virus.
Principaux partenariats internationaux
Notre unité a un éventail de collaborations dans le bassin méditerranéen, en Amérique du Nord et à travers l'Europe, beaucoup basées sur notre recherche sur la biodiversité et la diffusion des agents pathogènes, et sur le développement des stratégies durables de protection des cultures. Nous collaborons ainsi avec des équipes de recherche en Israël, au Soudan, en Iran et en Tunisie et avec de nombreuses universités aux Etats-Unis (université d'état du Montana, université d'état de Louisiane, université de Caroline du Nord et Virginie Tech). Nous avons également participé à plusieurs projets internationaux impliquant des instituts de recherche européens parmi lesquels le Centre international pour le génie génétique et la biotechnologie de Trévise, Italie.
Faits et chiffres
Publications dans des revues internationales
2010 : 22
2006 - 2009 : 88

Publications significatives

Ajouz, S., Bardin, M., Nicot, P.C., and El Maataoui, M. 2011. Comparison of the development in planta of a pyrrolnitrin-resistant mutant of Botrytis cinerea and its sensitive wild-type parent isolate. Eur. J. Plant Pathol., 129, 31-42.

Ajouz, S., Walker, A. S., Fabre, F., Leroux, P. , Nicot, P. C. and Bardin, M. 2011. Variability of Botrytis cinerea sensitivity to pyrrolnitrin, an antibiotic produced by biological control agents. BioControl, 56, 353-363.

Lecoq, H., Fabre, F., Joannon, B., Wipf-Scheibel, C., Chandeysson, C., Schoeny, A., and Desbiez, C. 2011. Search for factors involved in the rapid shift in watermelon mosaic virus (WMV) populations in south-eastern France. Virus Research, 115-123.

Moury, B. ; Fereres, A. ; Garcia-Arenal, F. ; Lecoq, H. 2011. Sustainable management of plant resistance to viruses. In: Recent advances in plant virology.

Caranta, C., Aranda, M.A., Tepfer, M. , Lopez-Moya, J.J.. (eds), Caister Academic Press, Norwich, (GBR) , 219-236

Desbiez, C., Moury, B., and Lecoq, H. 2011. The hallmarks of "green" viruses: do plant viruses evolve differently from the others? Infection Genetics and Evolution 11: 812-824.

Fabre, F., Chadœuf, J., Costa, C., Lecoq, H. and Desbiez, C. 2010. Asymmetrical over-infection as a process of plant virus emergence. Journal of Theoretical Biology 265:377-388.

Morris, C. E., Sands, D. C., Vanneste, J. L., Montarry, J., Oakley, B., Guilbaud, C., and Glaux, C. 2010. Inferring the evolutionary history of the plant pathogen Pseudomonas syringae from its biogeography in headwaters of rivers in North America, Europe, and New Zealand. mBioTM 1: e00107-00110-e00107-00120.

Joannon, B., Lavigne, C., Lecoq, H., and Desbiez, C. 2010. Barriers to gene flow between emerging populations of watermelon mosaic virus in south-eastern France. Phytopathology 100: 1,373- 1,379

Morris, C.E., Bardin, M., Kinkel, L.L., Moury, B., Nicot, P.C., and Sands, D.C. 2009. Expanding the paradigms of plant pathogen life history and evolution of parasitic fitness beyond agricultural boundaries. PLoS Pathogens 5: e1000693.

Decognet, V., Bardin, M., Trottin-Caudal, T., and Nicot, P.C. 2009. Rapid change in the genetic diversity of Botrytis cinerea populations after the introduction of strains in a tomato glasshouse. Phytopathology 99: 185-193.

Dalmon, A., Fabre, F., Guilbaud, L., Lecoq, H., and Jacquemond, M. 2009. Comparative whitefly transmission of tomato chlorosis virus and tomato infectious chlorosis virus from single or mixed infections. Plant Pathology 58: 221-227.

Morris C.E., Sands D.C., Vinatzer B.A., Glaux C., Guilbaud C., Buffière A., Yan S., Dominguez H., Thompson B. 2008 The life history of the plant pathogen Pseudomonas syringae is linked to the water cycle. The ISME Journal, 2:321-334.

Christner B.C., Morris C.E., Foreman C.M., Cai, R., Sands D.C. 2008. Ubiquity of biological ice nucleators in snowfall. Science 319:1214. Bardin, M., Fargues, J., and Nicot, P.C. 2008. Compatibility between biopesticides used to control grey mould, powdery mildew and whitefly on tomato. Biological Control 46: 476-483.

Moury B., Fabre F., Senoussi R. 2007. Estimation of the number of virus particles transmitted by an insect vector. Proc. Nat. Acad. Sci. 104: 17891-17896.

Pierrugues O., Guilbaud L., Fernandez-Delmond I., Fabre F., Tepfer M., Jacquemond M. 2007. Biological properties and relative fitness of inter-subgroup cucumber mosaic virus RNA3 recombinants produced in vitro. J. Gen Virol 88:2852-2861.

 
Budget annuel total
2008 2009 2010
Budget annuel total (k€ - incluant les salaires) 
551 561 391 503 480 777
Contrats externes (k€) : 
ANR 63731 50 271 34 709
UE 8 136 2 633 20 087
Secteur privé
82645 40 899 24 337
Autres 379 049 297 700 119 349