Labex Agro



Amélioration génétique et adaptation des plantes (AGAP)

 

Directeur : P. This
diragap@cirad.fr
  Site Internet :
http://umr-agap.cirad.fr/
Thématique de recherche
L'unité mixte de recherche Amélioration génétique et adaptation des plantes (AGAP) œuvre en faveur de la création de matériel végétal le mieux adapté aux systèmes de productions concernant les 20 principales espèces végétales tropicales et méditerranéennes. L'unité à trois objectifs scientifiques: (1) Créer du matériel végétal mieux adapté à quelques systèmes de productions de référence. Ce matériel nouveau et amélioré vise à concilier de meilleures tolérances aux stress abiotiques (hydrique, salin), de plus fortes résistances aux stress biotiques et des qualités nutritionnelles, organoleptiques et technologiques de produits frais et transformés. (2) Faire progresser la connaissance dans plusieurs domaines de recherche relevant de la biologie moléculaire et cellulaire, de la génétique, de la physiologie, de la génétique quantitative et de la génétique des populations, les approches prennent en compte différentes échelles biologiques, écogéographiques et spatio-temporelles. (3) Améliorer les méthodes de création variétale grâce à une approche intégrée des connaissances et des méthodes.
 
Points forts de la recherche
Dynamique de la diversité et domestication Les enjeux de recherche autour de la diversité génétique des espèces cultivées rejoignent désormais ceux de la protection de la biodiversité dans son acception la plus large qui comprend la préservation des habitats pour les espèces apparentées aux formes domestiques, la nécessité de maintenir et développer des conservatoires ex situ et des actions in situ pour conserver et gérer la diversité actuelle. Développement et adaptation Dans un contexte de changement climatique et de contraintes environnementales, les défis sont de contribuer à la stabilisation des rendements des espèces cibles. L'objectif des recherches est de mettre en évidence et de disséquer le contrôle génétique et environnemental de traits d'intérêt de ces espèces. Génétique et amélioration des plantes Les avancées de la biologie intégrative, la disponibilité croissante des technologies de génotypage et de phénotypage à haut débit et des outils de simulation ouvrent de nouvelles perspectives pour caractériser les environnements des programmes de création variétale, pour définir des idéotypes de plantes, pour analyser les bases génétiques des caractères quantitatifs impliqués dans l'adaptation des plantes et pour optimiser les schémas de création de matériel innovant.
 
Personnel

Instituts

ChercheursProfesseursIngénieurs de recherche

Personnel administratif et technique

Doctorants

Mtp SupAgro, Cirad, INRA
137
7
12
142
31
           
Equipes de recherche
 
Amélioration des plantes à multiplication végétative (APMV)
Architecture et fonctionnement des espèces fruitières (AFEF)
Biologie cellulaire de la réponse aux stress abiotiques et biotiques chez les espèces pérennes (BURST)
Développement adaptatif du riz (DAR)
Diversité et adaptation de la vigne et des espèces méditerranéennes (DAVEM)
Evaluation, gestion et valorisation des ressources génétiques (EGV)
Génétique et amélioration des espèces pérennes : modèles forêt et palmier (GF&P)
Génétique et innovation variétale (GIV)
Génome et sélection (GS)
Intégration de données (ID)
Plasticité phénotypique et adaptation des monocotylédones pérennes (PAM)
Structure et évolution des génomes (SEG)
Virtual plants (VP)
 
Plateformes et autres outils
 
Grand plateau technique régional de génotypage
Plateforme d'histocytologie et d'imagerie cellulaire végétale - PHIV
Plateforme de génomique fonctionnelle du riz - Refuge
Plateforme est dédiée à la bioinformatique
Plateforme logicielle de modélisation des plantes OpenAlea
 
 
Principaux partenariats internationaux
Univ. of Calgary (Canada), UC Davis, TIGR, (USA) HortResearch (Nouvelle Zélande), ACPFG, U. Queensland, BSES CSIRO (Australie), VARTC (Vanuatu), Bologna U, Milano U, (Italie) Leiden University, (Pays Bas) U. Nottingham, U.Aberdeen, John Innes Centre, Rothamsted Research (UK), CSIC-IRTA Barcelona, IVIA Valencia, (Espagne) MPIPMP Gölm (Allemagne) SwissProt (Suisse) IRIEC, IOPRI (Indonésie), Kasetsart U, Prince of Songkla U., Rubber Research Institute of Thailand ; (Thaïlande) HZAU, BRI (Chine), Institut de Génétique Agronomique, Institut Polytechnique de Hanoi, (Vietnam), MPOB (Malaisie), CBS, Sfax,(Tunisie), U. Bel Abès (Algérie, IRAD (Cameroun), SASRI (Afrique du Sud), EMBRAPA Cenargen, IAPAR, INCAPER, UEL, UESC, UNESP-FCAV , UNICAMP ,UESC ,CEPLAC (Brésil), CRU (Trinité)
(mise à jour en cours)
 
Faits et Chiffres
Publications dans les revues internationales
2015-2099: 626
Publications significatives
 
1. Garsmeur O, Charron C, Bocs S, Jouffe V, Samain S, Couloux A, Droc G, Zini C, Glaszmann JC, Van Sluys MA, D'Hont A, 2010. High homologous gene conservation despite extreme autopolyploid redundancy in sugarcane. New Phytologist doi: 10.1111/j.1469-8137.2010.03497.x
2. Varshney RK, Glaszmann JC, Leung H, Ribaut JM 2010. More genomic resources for less-studied crops. Trends in Biotechnology 28: 452-460.
3. KatarzynaHeller-Uszynska K., Uszynski G., Huttner E., Evers M., Carlig J., Caig V., Aitken K., Jackson P., Piperidis G., Cox M., Gilmour R., D'Hont A., Butterfield M., Glaszmann J.C., Kilian A. 2010. Diversity Arrays Technology (DArT) effectively reveals DNA polymorphism in a large and complex genome of sugarcane. Molecular Breeding DOI: 10.1007/s11032-010-9460-y
4. de Alencar Figueiredo L., Sine B., Chantereau J., Mestres C., Fliedel G., Rami J.F., Glaszmann J.C., Deu M., Courtois B. 2010. Variability of grain quality in sorghum: association with polymorphism in Sh2, Bt2, SssI, Ae1, Wx and O2Theoretical and Applied GeneticsDOI: 10.1007/s00122-010-1380-z
5. Philippe R., Courtois B., McNally K.L., Mournet P., El-Malki R., Le Paslier M.C., Fabre D., Billot C., Brunel D., Glaszmann J.C., This D., 2010. Structure, allelic diversity and selection of Asr genes, candidate for drought tolerance, in Oryza sativa L. and wild relatives. Theoretical Applied Genetics, 121(4):769-787. 6. Hippolyte I.., Bakry F., Seguin M., Gardes L., Rivallan R., Risterucci A.M., Jenny C., Pe
rrier X., Carreel F., Argout X., Piffanelli P., Khan I., Miller R.N.G., Pappas G.J.., Mbeguie-A-Mbeguie D., Matsumoto T., De Bernardinis V., Huttner E., Kilian A., Baurens F.C., D'Hont A., Cote F., Courtois B., Glaszmann J.C. 2010. A saturated SSR/DArT linkage map of Musa acuminata addressing genome rearrangements among bananas. BMC Plant Biology 2010, Apr 13;10:65
7. Glaszmann, J.C., Kilian B., Upadhyaya H.D., Varshney R.K. 2010. Accessing genetic diversity for crop improvement. Current Opinion in Plant Biology 13:1-7.
8. Risterucci A.M., Hippolyte I., Perrier X., Xia L., Caig V., Evers M., Huttner E., Kilian A., Glaszmann J.C., 2009. Development and assessment of diversity arrays technology (DArT) for high-throughput DNA analyses in Musa. Theoretical and Applied Genetics,119: 1093-1103.
9. Foncéka D., Hodo-Abalo T., Rivallan R., Faye I., Ndoye Sall M., Ndoye O., Favero A.P., Bertioli D.J., Glaszmann J.C., Courtois B., Rami J.F., 2009. Genetic mapping of wild introgressions into cultivated peanut: a way toward enlarging the genetic basis of a recent allotetraploid. BMC Plant Biology 2009, 9:103
10. Cochard B., Adon B., Rekima S., Billotte N., Desmier de Chenon R., Koutou A., Nouy B., Omore A., Purba A.R., Glaszmann J.C., Noyer J.L., 2009. Geographic and genetic structure of African oil palm diversity suggests new approaches to breeding. Tree Genetics and Genomes. 5: 1093-1103.
11. de Alencar Figueiredo L.F., Calatayud C., Dupuits C., Billot C., Rami J-F., Brunel D., Perrier X., Courtois B., Deu M., Glaszmann J.C. 2008. Phylogeographic evidence of crop neo-diversity in sorghum. Genetics, 179:997-1008.
12. Lecunff L., Garsmeur O., Raboin L.M., Pauquet J., Telismart H., Atthiapan S., Grivet L., Philippe R., Begum D., Deu M., Costet L., Wing R., Glaszmann J.C., D'Hont A., 2008. Diploid/polyploid syntenic shuttle mapping and haplotype-specific chromosome walking toward a rust resistance gene (Bru1) in highly ployploid sugarcane (2n=12x=115). Genetics 180, 649-660.
13. Lescot M., Piffanelli P., Ciampi A.Y., Ruiz M., Blanc G., Leebens-Mack J., da Silva F.R., Santos C.M.R., D'Hont A., Garsmeur O., Vilarinhos AD., Kanamori H., Matsumoto T., Ronning CM., Cheung F., Haas BJ., Althoff R., Arbogast T., Hine E., Pappas G.J., Sasaki T., Souza M.T., Miller R.N. G.., Glaszmann J.C., Town CD. 2008. Insights into the Musa genome: syntenic relationships to rice and between Musa species. BMC Genomics, 9:58.
14. Raboin L.M., Pauquet J., Butterfield M., D'Hont A., Glaszmann J.C. 2008. Analysis of genome-wide linkage disequilibrium in the highly polyploid sugarcane. Theoretical and Applied Genetics, 116 (5): 701-714.
15. Jannoo N., Chantret N., Garsmeur O., Glaszmann J.C., Arruda P., D'Hont A. 2007. Orthologous comparison in a gene-rich region among grasses reveals stability in the sugarcane polyploid genome. Plant Journal, 50 (4): 574-585.
16. Marcano M., Pugh T., Cros E., Morales S., Portillo E., Courtois B., Glaszmann J.C., Engels J.M.M., Phillips W., Astorga C., Risterucci A., Fouet O., Gonzalez V., Rosenberg K., Vallat I., Dagert M., Lanaud C. 2007. Adding value to cocoa (Theobroma cacao L.) germplasm information with domestication history and admixture mapping. Theoretical and Applied Genetics, 114 (5): 877-884.
17. Ming, R., Moore P. H., Wu K. K., D'Hont A., Glaszmann J. C., Tew T. L., Mirkov T. E., da Silva J., Jifon Rai J., M., Schnell R. J., Brumbley S. M., Lakshmanan P., Comstock J. C., Paterson A. H.. 2006. Sugarcane improvement through breeding and biotechnology. Plant Breeding Reviews 27: 15-118.
18. Sallaud C., Gay C., Larmande P., Bes M., Piffanelli P., Piegu B., Droc G., Regad F., Bourgeois E., Meynard D., Périn C., Sabau X., Ghesquière A., Glaszmann J.C., Delseny M., Guiderdoni E. 2004. High throughput T-DNA insertion mutagenesis in rice : A first step towards in silico reverse genetics. Plant Journal, 39 (3): 450-464.
19. Dufour P., Deu M., Grivet L., D'Hont A., Paulet F., Bouet A., Lanaud C., Glaszmann J.C., Hamon P. 1997. Construction of a composite sorghum map and comparison with sugarcane, a related complex polyploid. Theoretical and Applied Genetics, (3-4): 409-418.
20. D'Hont A., Grivet L., Feldmann P., Rao S., Berding N., Glaszmann J.C. 1996. Characterisation of the double genome structure of modern sugarcane cultivars (Saccharum spp.) by molecular cytogenetics. Molecular and General Genetics, 250: 405-413.
21. Grivet L., D'Hont A., Roques D., Feldmann P., Lanaud C., Glaszmann J.C. 1996. RFLP mapping in cultivated sugarcane (Saccharum spp.): genome organization in a highly polyploid and aneuploid interspecific hybrid. Genetics, 142: 987-1000.
22. Glaszmann J.C. 1987. Isozymes and classification of Asian rice varieties. Theoretical and Applied Genetics, 74: 21-30.