Les 35 Directeurs d'Unités du réseau scientifique de la Fondation dirigent les recherches conduites par environ 1300 scientifiques et 600 étudiants en thèse. Leurs rôles principaux sont la mise en place et l'exécution de projets de recherches, et le développement de collaborations internationales.
Les 35 unités sont réparties dans cing groupes de recherche, lesquels sont regroupés dans deux axes principaux :
| Directeur | Unité de recherche | Organisme |
| Jean-François Briat | Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes (BPMP) | SupAgro, INRA, CNRS, UMII |
| Serge Hamon | Diversité, adaptation et développement des plantes (DIADE) | IRD, UMII |
| Jean-Christophe Glaszmann | Amélioration génétique et adaptation des plantes (AGAP) | SupAgro, INRA, CIRAD, |
| Jean-Marc Deragon | Laboratoire génome et développement des plantes (LGDP) | CNRS, UPVD |
| Bertrand Muller | Laboratoire d' Ecophysiologie des Plantes sous Stress Environnementaux (LEPSE) | SupAgro, INRA |
| Michel Rossignol | Protéomique |
INRA |
| Pierre Couteron |
Botanique et bioinformatique de l'architecture des plantes (AMAP) | UMII, CNRS, INRA, IRD, CIRAD |
| Michel Génard |
Plantes et Systèmes de cultures Horticoles (PSH) | INRA Avignon |
| Mathilde Causse | Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL) | INRA Avignon |
|
Directeur |
Unité de recherche |
Organisme |
| Philippe Rott | Biologie et Génétique des Interactions plantes/agents pathogènes (BGPI) | SupAgro, INRA, CIRAD |
| Flavie Vanlerberghe | Centre de Biologie et de Gestion des Populations (CBGP) | INRA, SupAgro, IRD, CIRAD |
| Michel Nicole | Résistance des Plantes aux bioagresseurs (RPB) | CIRAD, IRD, UMII |
| Cindy E. Morris | Pathologie Végétale (AVI-PATHO) | INRA Avignon |
| Christian Cilas | Bioagresseurs : analyse et gestion du risque (BAGR) | CIRAD |
| Bertrand Reynaud | Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical (PVBMT) | CIRAD, Université de la Réunion |
| Patrick Tailliez | Diversité, Génomes et Intéractions Micro-organismes - Insectes (DGIMI) | INRA, UM2 |
|
Directeur |
Unité de recherche |
Organisme |
| Stéphane Guilbert | Ingénierie des Agropolymères et Technologies Emergentes (IATE) | UM II, SupAgro, INRA, CIRAD |
| Guy Albagnac | Sciences Pour l'Oenologie (SPO) | UMI, INRA, SupAgro |
| Christophe N'Guyen The | Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale (SQPOV) | INRA Avignon, UAPV |
| Max Reynès | Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité (QUALISUD) | SupAgro, UMI, UM II, CIRAD |
|
Directeur |
Unité de recherche |
Organisme |
| Jean-Pierre Muller | Gestion des ressources REnouvelables et Environnement (GREEN) | CIRAD |
| Marc Willinger | LAboratoire Montpelliérain d'Economie Théorique et Appliquée (LAMETA) | UMI, SupAgro, CNRS, INRA |
| Paul Moustier |
Marchés, Organisations, Institutions et Stratégies d'Acteurs (MOISA) | SupAgro, INRA, Ciheam- IAMM, CIRAD, IRD |
| Christophe Soulard |
Innovation dans l'agriculture et l'agroalimentaire (INNOVATION) | CIRAD, SupAgro, INRA |
| Alain Billand | Biens et services deds écosystèmes forestiers tropicaux (B&SEF) | CIRAD |